北京新發地疫情病毒來自何方?最新結論來瞭

結合全面的流行病學調查和大數據分析,揭示瞭該疫情可能源於冷鏈食品污染,提出冷鏈運輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。

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據清華大學結構生物學高精尖創新中心微信公眾號消息,2020年6月11日,1例新冠病毒感染患者突現,打破瞭北京連續56天無新增病例的平靜。該患者(指示病例)馬上就被收治,病情也很快得到控制,但是他從何處感染瞭病毒,卻成瞭一個謎。

北京新發地疫情病毒來自何方?最新結論來瞭-圖1

為瞭進一步查清新發地疫情的病毒來源,多傢單位聯合攻關。2020年10月23日,清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所的研究人員在《國傢科學評論》(National Science Review)上在線發表題為“北京新冠肺炎疫情再現可能源於冷鏈食品污染”(Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing)的研究論文(academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa264/5936602)。該論文通過對2020年6月北京疫情相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列分析, 結合全面的流行病學調查和大數據分析,揭示瞭該疫情可能源於冷鏈食品污染,提出冷鏈運輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。

針對指示病例的流行病學調查和大數據分析,通過對其所到地區和接觸人員的排查,發現2份來自北京新發地市場的環境樣本呈現新冠病毒核酸陽性。隨後對該市場538名員工擴大進行病毒核酸篩查,又發現45人為陽性。新發地市場隨即成為關註的焦點,北京市有關部門果斷對該市場采取關閉措施,以有力遏止疫情的蔓延。6月15日,北京市啟動瞭全市核酸篩查。通過對1000餘萬人口和5000餘份環境樣本的檢測,共發現368人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發地市場有直接或者間接關聯:其中169人是新發地市場的工作人員,103人於5月30日至6月12日期間去過新發地市場,其餘96人均為上述人員的接觸者。未發現獨立於該市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈,提示新發地市場是此次疫情暴發的單一源頭。

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結合新發地市場流行病學調查,研究人員初步確定綜合交易大廳地下一層(牛羊肉大廳)水產區S14號攤位可能是感染的源頭:S14號攤位的7位工作人員均為新冠確診病例,且癥狀出現時間相對較早。根據流行病學模型推斷的疫情開始時間范圍內,共有5位顧客新冠抗體檢測陽性,且這5位顧客都到訪過S14號攤位。這5位顧客及其密切接觸者在過去14天內都未到訪過中高風險區域或接觸來自中高風險區域的人員,進一步提示疫情是由新發地市場向外傳播。

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研究團隊進一步利用自主開發的低病毒載量樣品處理方法,對110個病例和環境樣本進行瞭高通量核酸測序,共獲得瞭72條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發現,這些序列均具有8個特征性突變位點(C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T),這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發現過。與新冠病毒基因序列數據庫比對,發現除C6026T之外,具有其它7個突變位點的病毒主要存在於歐洲。這些結果進一步提示新發地疫情的病毒應為單一性的新發境外輸入。

綜合上述結果,同時確認S14號攤位的工作人員未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者,且5月至6月初期北京也無報告新增感染病例,提示病毒極可能來源於境外輸入。進一步調查顯示,S14號攤位售賣的物品中冰鮮三文魚是唯一來自境外的商品,且攤主曾於5月30日從某供應商(X公司)處采買過從存在新冠病毒疫情國傢進口、包裝完整的三文魚,在市場內切割處理後零售。為此,對新發地市場內所有三文魚供應商的冷庫進行瞭采樣檢測,發現X公司有5份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性,其中1份未開封魚體拭子樣本中測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環境樣本中的病毒高度同源。

因未能從魚體上分離獲得活病毒,因此尚無法證明魚體上的病毒活力。但是將高質量病毒基因組序列特征分析與流行病學調查結合,提示來自境外疫情高發區的冷鏈進口食品極有可能為本次新發地疫情病毒源頭。在本文發表過程中,中國疾控中心報告從青島獲取的冷鏈食品中分離出新冠病毒,進一步提示冷鏈食品可能是新冠病毒傳播的重要途徑。本研究對於揭示北京新發地疫情的病毒來源提供瞭重要證據,為優化疫情常態化防控策略提供瞭重要依據。

北京市疾病預防控制中心龐星火主任醫師、吳雙勝主管醫師,中國醫學科學院病原生物學研究所任麗麗研究員和中國科學院北京基因組研究所研究生馬文泰為論文共同第一作者。中國醫學科學院病原生物學研究所王健偉研究員,北京大學北京未來基因診斷高精尖創新中心/生物醫學前沿創新中心/化學學院黃巖誼教授,清華大學(北京)結構生物學高精尖創新中心/生命科學學院王建斌研究員,中國科學院北京基因組研究所(國傢生物信息中心)李明錕研究員,北京市疾病預防控制中心王全意研究員、潘陽副研究員為共同通訊作者。

編輯馬浩歌 圖片來自清華大學結構生物學高精尖創新中心微信公眾號 來源:清華大學結構生物學高精尖創新中心微信公眾號

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