《使徒行者3》章紀孜看見韋傑榮召開記者發佈會，喜出望外，因為他就是每月給自己賬戶打錢的警察，此時章紀孜明白為什麼他會舉報自己受賄瞭，為瞭自己的臥底計劃不被打破。韋傑榮去找章紀孜，倆人交談很多，自從親手殺死章紀孜父親後，心裡很是愧疚，就決定每月給她姊妹倆個寄錢以撫養她們長大。為瞭賺錢，他努力工作，還不斷換工作。章紀孜也沒有記恨他，把錢原封不動還給瞭他。
卓凱知道韋傑榮後，親自去找他說明情況，但是他矢口否認，不過世上哪有那麼巧合的事情，卓凱也是一名老警察，斷定他就是韋傑失蹤的兒子。卓凱把這個好消息告訴瞭監獄中的韋傑，得知自己的兒子不僅沒死，還是一名警察，開始喜極而泣。他開始感謝卓凱，取消對卓凱的追殺令，並懇求他替自己的兒子保守秘密，他不想外人知道韋傑榮有他這麼個爹。
器官販賣案告破，保安局並沒有給刑事情報科頒佈嘉獎令，而是命令韋傑榮又成立個安全情報機構，要更加嚴厲打擊各種新形勢下的犯罪分子。說白瞭，就是想讓韋傑榮取代刑事情報科。
薛傢強開的足療店是警察的一個情報點，章紀孜接到命令，最近崇聯社的龐浩祥不僅開線上賭場，還放高利貸，性質惡劣，上級決定予以打擊。她和阿兜去足療店和薛傢強協商，讓阿兜做賭場臥底，薛傢強當此案的聯絡員，結果被拒絕。因為韋傑榮也拉攏薛傢強，使他處於兩難境地，畢竟都是好朋友，誰也惹不起。
薛傢強嘴上不同意，可是心理上已經默認，並開始行動，在網上把自己足療和賭場廣告關聯，就是有人搜索到金波羅相關字條，立馬會跳到足療店頁面。這個方法為足療店引流不少客戶，也為薛傢強提供不少賭場信息。
跌打店老板藍楠按摩手藝是祖傳的，手藝好人也漂亮，但因為無證經營，被迫關門。被薛傢強請到店裡當技師，成為財神爺，顧客奔走相告，都是沖著藍楠而來。
莫羨晴身體康復，就接受韓建義的案子，正當她和同事們竭盡全力搜集證據的時候，卻接到上級指示，不讓范曉華當證人。如果沒有證人，那麼韓建義就要被釋放。原來這都是韋傑榮的註意，他想故意放韓建義一馬，從而釣到更大的魚。
莫羨晴一身正氣，哪怕違抗上級命令也要將韓建義繩之以法，但是韋傑榮卻找到她，說出卓凱為瞭給他換肝臟，從警局偷取手機一事，如果她非要堅持自己的主意，那麼卓凱可能會被牽連，再次進監獄。
看著為瞭自己不顧一切的老公，莫羨晴妥協瞭，盡管范曉華向其詳細講述和韓建義相關的罪證，但在開庭那天，法官們還是走瞭過場。范曉華因為韓建義殺死瞭自己老公任尚宇，極力想至其於死地，心中憤恨難以平復。
薛傢強因為韓建義殺死瞭朱倩，更是大發雷霆，可是一想到此事會牽連到自己的恩人卓凱，又有些無奈。莫羨晴似乎也認識到自己徇私枉法，為瞭給死去的朱倩一個交代，她決心讓韓建義伏法。她按照韓建義客戶名單一個一個尋找，可哪有那麼容易，並且誰會那麼傻，自己給自己作證，讓自己有罪！
功夫不負有心人，一對夫婦找上門決定做污點證人。原來莫羨晴去找這對夫婦的時候，談話內容被年小的兒子聽見。小易感覺自己害死瞭人，心中愧疚，決定離傢出走選擇輕生。原來朱倩死的那天晚上，正是小易獲得新生的時候。
等薛傢強找到小易的時候，他正坐在房頂，準備跳樓，經過他和莫羨晴勸說，小易才打消輕生念頭，不過這件事情也讓小易的父母認識到錯誤，決定做證人，替小易還債，也讓壞人伏法。韓建義被判終身監禁，而莫羨晴因為勞累過度，過世瞭。
阿兜感覺賭技差不多瞭，就前去龐浩祥開的網吧賭博，一會兒功夫，就輸地精光，還倒欠賭場二十多萬。阿兜就故意把債務推到薛傢強身上，薛傢強也是老江湖瞭，直接拿出二萬當利息，剩下的讓阿兜替賭場打工還。龐浩祥隻得賣人情，讓阿兜當荷官。
龐浩祥現在也是有苦難言，從韋傑手中接過崇聯社，那些老一輩們根本沒有把自己放在眼裡。符錄等人對老大這個位置也是虎視眈眈，大傢約定，兩個月內誰能讓崇聯社賺錢多，誰就勝任老大。龐浩祥本想讓崇聯社走向正規，但現在無奈，隻得先通過賭場賺錢，先穩住位子再說。
阿兜當上瞭荷官，聲音甜美，盡心盡責，不過沒忘自己的本職工作，盡量多認識內部工作人員，獲取情報。哥佈林負責經營咖啡店，他也知道自己不是這塊兒料，隻能先湊活著，卓凱也無心管。金青社的大聖帶著人來咖啡館找事，因為卓凱在獄中受到自己保護，可是出來後卻不接受自己邀請，反而和韋傑搞在一起，不然為什麼崇聯社取消追殺令呢？
卓凱現在是能不惹事就不惹事，畢竟年齡在那裡放著，他小心解釋，才把大聖打發走。緊接著韋傑又托人找到卓凱，希望他幫助龐浩祥坐穩老大的位子。卓凱曾是警察的時候，做瞭許多對韋傑負心的事情，心裡有愧，現在崇聯想做正當生意轉正，他也樂意幫忙。
卓凱帶著徒弟鄭淑梅去崇聯社當起顧問，並熟悉公司業務。網上賭場最近受到黑客攻擊，總是掉線，客戶驟減。鄭淑梅感覺對方目的不是破壞網站，而是搶奪客源。登陸不上金波羅賭場的客戶，都被引導到一傢幾乎一模一樣的金叵羅賭場。鄭淑梅查到該賭場的服務器在符錄的地盤，和卓凱一起在服務器房間放置攝像頭，想要查清同謀。