原屬於《PokemonX/Y》第六世代卡洛斯地區的專屬內容「超級進化」正式於《PokemonGO》登場，遊戲內準備一連串的活動等著訓練師參與。
超級進化
《PokemonGO》使用「超級能量」讓寶可夢超級進化，訓練師可參加頭目是超級進化寶可夢的「超級團體戰」收集超級能量，擊敗頭目的時間越快，可獲取的超級能量就越多。隻要將寶可夢進行一次超級進化，再次超級進化所需的能量就會減少。
首批開放超級進化的寶可夢有妙蛙花、噴火龍和水箭龜，它們近期將會出現在超級團體戰，不過暗影寶可夢無法進行超級進化。
超級進化寶可夢可參與的冒險
團體戰：參加團體戰時同陣營裡有人派出超級進化寶可夢，隻要使出與它屬性相同的招式，就能獲得額外的攻擊加成，但攻擊加成效果並不會隨著場上的超級進化寶可夢數量增加。道館對戰：超級進化寶可夢可參與道館對戰，但不能占領道館。訓練師對戰：超級進化寶可夢可參加一般訓練師對戰，尚未開放至GO對戰聯盟，但官方已表明未來有開放。GO火箭隊對戰。成為夥伴。拍攝GOSnapshot照片。GO超級手鐲
原作中必須使用GO超級手鐲才能才能讓寶可夢超級進化，但在《PokemonGO》並不需要，因此它將成為遊戲中的換裝道具，並在商城上架。
特殊調查任務「超級大探索」
完成有關超級進化的特殊調查任務即可獲得大針鋒的超級能量，步驟如下。
超級進化主題活動
9月起將有一連串的超級進化主題活動，已知內容為：
9月1至7日：超級團體戰9月11至17日：道館對戰、訓練師對戰9月22至28日：超級進化寶可夢夥伴